Des mystérieuses créatures volantes nommées Zai apparaissent soudainement.
Afin de les combattre, l’humanité crée des avions de chasse appelés « Daughters » ainsi que le mécanisme de combat automatique « Anima », qui prendre la forme de filles humaines. L’histoire se centre sur deux personnes : Kei Narutani, un jeune homme qui souhaite pouvoir devenir pilote pour s’envoler dans le ciel et de Guripen, une Anima considérée comme étant l’atout de l’humanité.